В национальной команде она дебютировала в марте 2013 года, выйдя в стартовом составе на матч против сборной Люксембурга, сообщила в среду пресс-служба Эстонского футбольного союза.

За сборную Эстонии уроженка Пярну забила восемь голов. В январе 2021 года она получила дебютную "Аннику" -  приз за самый красивый гол в составе женской сборной Эстонии в предыдущем календарном году.

На клубном уровне свою игровую карьеру Кристина Банникова начала в тартуской "Таммеке". С 2013 по 2018 год выступала за команду "Пярну", в составе которой пять раз становилась чемпионкой Эстонии.

С лета 2018 по лето 2019 выступала за итальянский "Наполи", после чего вновь вернулась в "Пярну". Также играла за пярнуский "Вапрус", а минувший сезон провела в составе сакуского "Спортинга", которому помогла занять второе место в чемпионате, выиграть Кубок Эстонии и занять третье место в Балтийской лиге.

Этой осенью Кристина Банникова сыграет свой последний матч за женскую сборную, но в какой именно игре это произойдет, пока неизвестно.