В национальной команде Кети Ыунпуу дебютировала в июле 2005 года, выйдя на замену на матч против сборной Литвы. В 2019-м Ыунпуу стала третьей в истории футболисткой, проведшей за сборную Эстонии как минимум 100 матчей, передает пресс-служба Эстонского футбольного союза.

В составе сборной забила три гола - в 2007 году в товарищеском матче с Латвией, в 2012-м в поединке Кубка Балтии с Латвией и в отборочной игре чемпионата Европы с Беларусью.

В 2014 году Кети Ыунпуу была признана лучшей футболисткой Эстонии.

Уроженка Пыльтсмаа начала тренировки в группе мальчиков в таллиннской "Флоре" под руководством Олева Рейма. Затем отправилась в клуб EVL из Кехтна. С 2006 по 2009 год защищала цвета столичного "Калева", а с 2009-го провела 14 сезонов во "Флоре", с которой выиграла пять чемпионских титулов. В прошлом году Ыунпуу провела 26 матчей за "Саку Спортинг" в национальном первенстве и помогла команде завоевать серебро. Также в составе "Саку Спортинга" футболистка стала обладателем Кубка Эстонии.

Согласно традиции, проведшие за сборную Эстонии более 100 поединков и завершившие карьеру футболистки имеют право на прощальный матч.