Вице-президентами избраны епископ Римско-католической церкви в Эстонии Филипп Журдан и глава Союза евангельских христиан баптистов Эстонии, пастор Эрки Тамм.

Журдан занимает этот пост и сейчас, а другие нынешние руководители - президент Андрес Пыдер и вице-президент Меэго Реммель сложат свои полномочия 31 марта.

Совет церквей Эстонии является независимым и добровольным объединением различных христианских церквей и приходов. Совет был основан в Пюхтицком монастыре 16 февраля 1989 года.