По данным газета Äripäev, Мутли задолжал не менее 100 000 евро, у него нет имущества и работы.

В 2017 году Яанус Мутли проходил по делу экс-лидера Центристской партии Эдгара Сависаара. Мутли находился под следствием в связи с двумя информационными кампаниями Таллинна - проводившимися во второй половине 2013 года кампанией по обновлению игровых площадок в детских садах и кампании по реновации стадиона Хийу. Госпрокуратура считает обе эти кампании скрытой предвыборной рекламой, которая незаконно финансировалась из бюджета Таллинна.

Мутли был вице-мэром Таллинна с 2005 по 2009 год, затем работал над проектом "Таллинн - культурная столица Европы 2011" и в столичном Департаменте предпринимательства. В октябре 2019 года покинул Центристскую партию, ряды которой пополнил в 2003-м.