Мерабишвили обвинялся в злоупотреблении служебными полномочиями и в служебном подлоге, передает Би-би-си.

В январе 2006 года сотрудник "Объединенного банка Грузии" Сандро Гиргвлиани поссорился в одном из тбилисских баров с группой высокопоставленных сотрудников МВД, после чего прибывшие полицейские в штатском вывели его из бара и увезли. В тот же день он был найден убитым.

По версии следствия, Мерабишвили, занимавший тогда пост главы МВД, вопреки своим обязанностям не способствовал раскрытию убийства Гиргвлиани.
Мерабишвили на суде отрицал свою вину и заявлял, что подвергается политическому преследованию.

В феврале 2014 года Вано Мерабишвили был приговорен к 4,5 годам лишения свободы по делу о разгоне акции протеста в центре Тбилиси.